Le Centre de Recherche de Peenemünde couvrait une superficie d’environ 50 km2, et était divisé en deux entités.

Peenemünde Est (40 km2) était sous la juridiction de la Heer (armée de terre) : Heeresversuchsanstalt (Centre de recherche de l’armée de terre).

Peenemünde Ouest (10 km2) sous celle de la Luftwaffe (armée de l’air) : Luftwaffenerprobungsstelle (Site d’essai de l’armée de l’air)

La fusée A4 (ou V2 pour « Vergeltungswaffe 2 » – Arme de représaille n°2) était développée par la Heer, la « bombe volante » Fi-103 (ou V1 – Vergeltungswaffe 1) par la Luftwaffe (du moins à partir de 1942).  

Plus tard les SS prendront le contrôle du centre…